Villagonzalo Pedernales
Escudo partido. Primero, de azur con un báculo de plata puesto en banda, y brochante una mitra abacial de oro con una cruz latina aclarada de gules. Segundo, de gules, con una torre de oro, almenada, mazonada de sable y aclarada de azur. Entado en punta de oro, con una lastra de pedernal de púrpura. Al timbre corona real de España. Escudo aprobado por la Diputación Provincial de Burgos el 14 de julio de 1994. Publicado en el BOCyL el 30 de agosto de 1994.
Bandera rectangular de proporciones 2:3, horizontal, mastilada por mitad, triángulo equilátero amarillo junto al asta (cuyo lado será igual a la anchura de la bandera); resto del paño dos franjas horizontales, azul la superior y roja la inferior. En el corazón de la bandera campeará el escudo municipal. Bandera aprobada por el Ayuntamiento el 11 de julio de 2002. Simbolismo: el triángulo amarillo simboliza la nobleza y el tesón, el azul la verdad y lealtad y el rojo la fortaleza y unión.